Die Entnahmephase eines Wohn-Riester-Vertrages entspricht der Einzahlungs- oder Ansparphase von staatlich geförderten Riester-Verträgen, die nicht zur Finanzierung einer Immobilie genutzt werden. Während der Entnahmephase werden die laufenden Einzahlungen in den Vertrag sowie die staatlichen Zulagen zur Tilgung eines Hypothekenkredites herangezogen. Die effektive Belastung durch den Kapitaldienst verringert sich dadurch. Am Ende der Entnahmephase, deren Dauer grundsätzlich frei vom Kreditnehmer bestimmt werden kann, werden die entnommenen Einzahlungen sowie die Zulagen entweder nebst Zinsen wieder in den Vertrag zurückbezahlt oder aber das Wohnförderkonto wird leer gelassen. In letzterem Fall entsteht mitunter eine Steuerschuld des Vertragsinhabers gegenüber dem Finanzamt, da die Einzahlungen während der Entnahmephase steuerlich geltend gemacht werden und umgekehrt die Auszahlungen, die erfolgen würden wenn der Vertrag die planmäßigen Guthaben aufweisen würde, mit dem persönlichen Steuersatz des Vertragsinhabers in voller Höhe versteuert werden. Es kann dabei jedoch gewählt werden, ob die Besteuerung einmalig zum Rentenbeginn erfolgt oder monatlich über einen Zeitraum von 20 Jahren.
Werden die zur Immobilienfinanzierung entnommenen Guthaben des Riester-Vertrages nicht bis zum Eintritt in den Ruhestand wieder zurückbezahlt, steht dem Kreditnehmer eine Rente zu, die über das Niveau der gesetzlichen Rentenversicherung hinausgeht. Kreditnehmer sollten deshalb unbedingt ein Konzept für die persönliche Altersvorsorge erstellen, mit die Versorgungslücke abgedeckt werden kann.
Während der Entnahmephase profitieren Vertragsinhaber von steuerlichen Erleichterungen sowie von Zuschüssen, die der Staat gewährt. Die Einzahlungen in den Vertrag können exklusive der Zuschüsse in vollem Umfang als Sonderausgabe steuerlich geltend gemacht werden. Der maximale Betrag ist allerdings auf 2100 Euro jährlich inklusive Zulagen begrenzt. Die Zuschüsse setzen sich aus einer Grundzulage über 154 Euro im Jahr sowie einer Kinderzulage in Höhe von 185 Euro im Jahr zusammen (Kinder die nach dem Jahr 2007 zur Welt gekommen sind erhalten 300 Euro). Der während der Entnahmephase insgesamt realisierbare Vorteil kann so mehr als 50.000 Euro betragen.